La Auditoría Interna del Poder Judicial, se creó mediante Ley Nº 6152, el 10 de noviembre de 1977, e inició labores el 16 de enero de 1978, según artículo XV de la sesión celebrada por Corte Plena el 26 de diciembre de 1977.
Esta dependencia inició labores con 5 funcionarios, y a través de cuatro décadas de funcionamiento esa cifra ha crecido a más de 55 personas.
A lo largo de este período, la Auditoría Judicial ha experimentado diversos cambios, motivados por las exigencias del entorno, los avances tecnológicos, el crecimiento institucional, la evolución de la actividad de auditoría interna, entre otros; que le han llevado a desempeñar también una función asesora y de servicio que agrega valor a la gestión institucional.
Sobre los cambios acaecidos, resulta importante el presentado en 1985 cuando se organizó por secciones, creándose las Secciones de Auditoría Financiera, Auditoría Operacional, Auditoría Estudios Especiales y Auditoría de Cuentas Corrientes, oficina está última dedicada a la fiscalización de las cuentas corrientes judiciales.
En el año 1991 se creó la Sección Auditoría de Sistemas, cuyo nombre se varió posteriormente en el 2001 por Sección Auditoría de Tecnología de Información, en virtud de la amplitud de los procesos que evalúa.
Asimismo, en el 2007 se fortaleció la Dirección de la Auditoría, mediante la creación de la Subauditoría. El más reciente ajuste en su organización, acontece en el 2011, cuando se implementan la Sección Auditoría del Fondo de Jubilaciones y Pensiones, y la Sección de Seguimiento y Gestión Administrativa.
En este momento, ostenta una estructura definida por las siguientes unidades orgánicas:
Dirección de Auditoría
Dirección de Auditoría
Sección Auditoría Estudios Especiales
Sección Auditoría Financiera
Sección Auditoría Operativa
Sección Auditoría Estudios Económicos
Sección Auditoría Fondo de Jubilaciones y Pensiones
Sección Auditoría Tecnología de Información
Sección Auditoría de Seguimiento y Gestión Administrativa
Unidad Jurídica
Unidad Aseguramiento de la Calidad
Desde su creación, la Auditoría ha sido presidida por los siguientes Auditores Judiciales:
Lic. Víctor Vargas Meneses (1978-1984)
Licda. Luisa Gin Lun (1985-1989)
Lic. Hugo Ramos Gutiérrez (1989-2013)
Lic. Walter Jiménez Sorio (2014-2016)
Máster Roberth García González (2016 a la fecha).
Máster Roberth García González (2016 a la fecha).